Sinh hoạt dân sự của Giáo hội là một bước tiến lớn trong việc hiện đại hóa Phật giáo Việt Nam trong tinh thần nhập thế. Viện Cao đẳng Phật học, Trường Thanh niên Phụng sự Xã hội, tuần báo Hải triều âm[4] (1964), tuần báo Chánh Đạo (1964-69), tuần báo Thiện mỹ,[5] Viện Đại học Vạn Hạnh,[6] Nhà xuất bản Lá Bối cùng những trường trung tiểu học, cô nhi viện, ký nhi viện, bệnh xá, chẩn y viện và các tổ chức thanh thiếu niên Phật giáo là thành quả lớn của Giáo hội. Tổ chức Gia đình Phật tử được đặt dưới quyền điều hành của Tổng vụ Thanh niên thuộc Viện Hóa đạo. Giáo hội cũng điều hành hệ thống tư thục trung tiểu học ở nhiều tỉnh thành miền Nam Việt Nam dưới tên Trường Bồ đề thuộc Giáo dục vụ của Giáo hội.[7][8] Giáo hội cũng gửi đơn lên chính phủ cho thành lập, lần đầu tiên trong lịch sử Việt Nam, Nha Tuyên úy Phật giáo để song hành với Nha Tuyên úy Công giáo trong Quân lực Việt Nam Cộng hòa. Thỉnh nguyện này được chấp thuận và thi hành.[9]

Năm 1971, Giáo hội lập thêm phân bộ hải ngoại với trụ sở đặt tại Paris, Pháp.[10]

Phân hóa

Ngay từ giữa thập niên 1960 Giáo hội đã có sự rạn nứt trong giới lãnh đạo. Hàng giáo phẩm ngả thành hai khối: "khối Ấn Quang" (gồm ba đoàn thể) và "khối Việt Nam Quốc tự" (có tám đoàn thể).[11] Khối Ấn Quang (do Thượng tọa Thích Trí Quang và Đại đức Thích Nhất Hạnh lãnh đạo)[12] có khuynh hướng thiên tả nên bị chính quyền Việt Nam Cộng hòa ra sắc luật 23/67 ngày 18 tháng 7 năm 1967 công nhận khối Việt Nam Quốc Tự thay vì khối Ấn Quang. Khối Ấn Quang từ đó hoạt động quyết liệt hơn trong việc ủng hộ Mặt trận Dân tộc Giải phóng Miền Nam.[13] Khối Việt Nam Quốc Tự do Hòa thượng Thích Tâm Châu chủ trương thì chọn đường lối đấu tranh ôn hòa hơn.[12]